Hidrográfico

La parroquia San Mateo se encuentra ubicada dentro de dos microcuencas de acuerdo con la división hidrográfica nivel cinco generada por el Ministerio del Ambiente y Agua de Ecuador - MAAE. En este sentido  gran parte de su territorio corresponde a la cuenca del Río Esmeraldas con 99.81% y el 0,19% a la cuenca del
Río Colope.

Dentro de las principales fuentes hídricas de la parroquia se encuentran el río Esmeraldas, con  afluentes los esteros Hondo, Mútile, Danila, Tapira, Venado, Guabal, Sague, Infiernillo, Dile, Tatica, Colorado, Agua Fría y Timbre. La calidad de los recursos hídricos de esta parroquia se ha visto afectada por la agricultura y ganadería por el uso de agroquímicos, como también el mal manejo de las aguas residuales que son descargadas directamente a los ríos. Otro contaminante y de sedimentos es la empresa de generación eléctrica Manduriaco.